Precipitatiile abundente si rocile practic impermeabile din care sunt alcatuiti muntii Harghita au conditionat o retea hidrografica abundenta cu o densitate ce depaseste adesea 2 km/kmp.
In fostele cratere se distinge o retea radiar-convergenta ce formeaza sectorul de obarsie al catorva rauri: Loc, Varghis, Paraul Mare, Ciumatu etc. Cele mai importante izvoare apar pe versantul vestic al Harghitei la Copalnita, Homorod, Vlahita si Lueta si pe linia de contur a masivului Puciosu, la Tusnad-sat si Baile Tusnad; importante izvoare se gasesc in statiunile Homorod, Seike, Sertes, Lueta, Chirui, Harghita, Santimbru, Modicea, Danesti, Madaras, Racu, Miercurea-Ciuc, Sancraieni, Varghis, Ozunca, Tusnad, Malnas etc.
Reteaua hidrografica de suprafata se alimenteaza numai in proportie de 25-30% din apele freatice si subterane. Aceste ape se organizeaza intr-o retea colectata de Olt, in est si sud, de Tarnave, in vest si de Mures in nord. Oltul, strabate depresiunea Ciuc dupa ce izvoraste din Hasmasul Mare si primeste mai multi afluenti din muntii Harghita: Lunca, Modicea, Rata, Groapa Apei, Madarasul Mare, Silas, Var, Seghes, Beta, Copolnas, Techera, Paraul Merilor, Paraul Mare, Mitaci. In depresiunea Baraolt se se strang mai multe paraie care sunt colectate de Baraolt, Cormos si Varghis.
Muresul aduna din muntii Harghita numai cateva paraie:Senetea, Poieni, Carbunele Negru, de pe versantii nordici ai culmii Poienii si Rachitis. Tarnava Mare este al doilea colector in ordinea importantei, caci cursul lui este in mare masura paralel cu limita dintre muntii Harghita si Platoul vulcanic din vest, astfel ca in dreptul acestor munti el culege apele Sicasaului(22 km), Desagului(8 km), Sugaului(10 km) etc. Dupa confluenta cu Blaj, Tarnavele isi deschid o lunca larga spre Cistei si Mihalt unde se varsa in Mures.
In peisajul acestor munti, lacurile au o pondere redusa, dar se remarca lacul Sfanta Ana din craterul masivului Puciosu, unicul lac din tara noastra a carui cuveta se gaseste intr-un crater. El se afla la o altitudine de 950 m si are o adancime de 7 m in partea sa centrala. In imediata sa vecinatate se afla tinovul Mohos sau Lacul cu Muschi, important pentru vegetatia tipica mlastinilor oligotrofene. De asemenea, se remarca tinovul Luci, de 120 ha, tinovul Bradu din apropiere si tinovul Dracului, cunoscut sub denumirea de Lacul Dracului.